Η λήψη φαρμάκων κατά την εγκυμοσύνη θα πρέπει, σε γενικές γραμμές είτε να αποφεύγεται είτε να πραγματοποιείται για το μικρότερο χρονικό διάστημα και στη μικρότερη αποτελεσματική δόση έχοντας σταθμίσει το αναμενόμενο όφελος έναντι του σχετικού κινδύνου και πάντοτε κατόπιν σχετικής ιατρικής οδηγίας. Ο κίνδυνος των πιθανών βλαβών στο έμβρυο μπορεί να είναι ελάχιστος για αρκετά από τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται ευρέως στην εγκυμοσύνη, ενώ αντιθέτως άλλα φάρμακα χαρακτηρίζονται από αμιγώς τερατογόνο δράση και δεν χορηγούνται. Επιπρόσθετα, ο σχετικός κίνδυνος αρκετών φαρμάκων έχει τεκμηριωθεί μόνο από μελέτες σε πειραματόζωα, οι οποίες δεν μπορούν να πραγματοποιηθούν στον άνθρωπο, έχοντας έτσι άγνωστες επιδράσεις στο αναπτυσσόμενο έμβρυο.
Η χρήση εθιστικών ουσιών κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης σχετίζεται με την εμφάνιση επιπλοκών στην γενικότερη υγεία της κυοφορούσας μητέρας και την πρόκληση σωματικών και ψυχολογικών ανωμαλιών-διαταραχών του εμβρύου- νεογνού. Οποιαδήποτε χρήση τους απαγορεύεται αυστηρώς κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης και του θηλασμού.